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内部化学反应导致变色：其内部物质在不利的保存条件下氧化，产生了化学反应，氧化后导致变色和产生怪味，这是由于保存不当，因此产生的发霉现象

微生物污染：冬虫夏草在采摘、运输、储存、销售过程中，容易被微生物污染加上长期放置，在适当温度下微生物就会繁殖增长，吃掉冬虫夏草的营养，破坏其蛋白质

酶的分解：冬虫夏草中有多种酶，在不利的保存条件下，酶会将冬虫夏草中的营养分解为低级产物，使冬虫夏草失去原有的营养成分，其功效也大打折扣，所以保存冬虫夏草，一定要防止潮湿、高温或者与微生物接触的环境